電子帳簿保存法対応で税務調査はどう変わる？企業が押さえるべき3つのポイント

電子帳簿保存法に対応しても、税務調査の目的や手順自体は基本的に変わりません。しかし、電子データの提示方法や管理体制の整備など、従来とは異なる対応ポイントが増えています。

これにより、「電子帳簿保存法対応後の税務調査で何に注意すべきか」「帳簿や証憑をどのように管理すればスムーズに対応できるか」と悩む企業も少なくないでしょう。

この記事では、電子帳簿保存法の基本や改正の背景、税務調査で押さえておくべき対応ポイントについて解説します。

電子帳簿保存法とは？改正の背景と現在の対応義務

電子帳簿保存法は、国税関係帳簿や書類を電子データで保存することを認める法律です。

改正の背景には、電子取引の普及やペーパーレス化による経理業務の効率化、税務調査の簡素化などがあります。

2024年1月からは電子取引で授受したデータの電子保存が完全義務化され、やむを得ない場合には条件付きで猶予措置があります。スキャナ保存は任意のため、紙で受領した書類を紙原本のまま保存することは可能です。

以前は、総勘定元帳や請求書などを電子保存する際に、税務署長に「この方法で保存します」と事前に承認申請を行う必要がありましたが、現在は不要となっています。

電子帳簿保存法対応後、税務調査はどう変わる？

電子帳簿保存法に対応しても、税務調査の目的や基本的な進め方は従来と変わりません。

ただし、確認するデータの形式や提示の仕方には変化があります。紙の帳簿や書類ではなく、電子データとして保存されたファイルや会計システム上の画面をもとに確認されることが増えます。

また、電子データ化に伴い、タイムスタンプや訂正履歴、アクセス権管理など、保存や管理体制の適正性も併せてチェックされることがあります。そのため、電子帳簿保存に対応する場合は、検索・閲覧の準備と適正な管理体制の整備が重要です。

税務調査の主な流れ

税務調査には「任意調査」と「強制調査」の2種類があります。企業で一般的に行われるのは、納税者の同意を得て実施する任意調査です。

任意調査では、まず税務署から事前に通知があり、調査の目的や対象期間、必要な書類が伝えられます。当日は税務署職員が企業を訪問し、帳簿や領収書、会計システム上のデータなどを確認します。

質疑応答や資料提示を通じて申告内容や取引の適正を確認し、調査後に必要に応じて指摘や助言が行われ、最終的に調査報告書が送付されます。

任意調査は納税者の協力が前提で進められるため、円滑に対応することが重要です。

電子帳簿保存法対応企業が税務調査で押さえるべき3つのポイント

電子帳簿保存法に対応している企業でも、税務調査の際には注意すべきポイントがあります。電子化によって帳簿や証憑の管理は効率化されますが、調査官が確認するのは「内容の正確性」と「適正な保存・管理」です。

ここでは、税務調査でスムーズに対応するために、電子帳簿保存法対応企業が押さえておくべき3つの重要なポイントをご紹介します。

1.必要な帳簿・証憑をすぐに見せられるようにする

電子帳簿保存法の要件のひとつに「可視性の確保」があります。税務調査で調査官から請求書や仕訳帳などの提示を求められた際、すぐに検索・表示できる状態にしておくことが重要です。そのためには、ファイル名の付け方やフォルダ整理のルールを統一しておくと安心です。

また、会計システム上での検索機能を活用し、対象期間や取引先ごとに必要なデータを素早く抽出できるよう準備しておくこともポイントです。こうした体制を整えておくことで、税務調査時の対応がスムーズになります。

2.電子データの改ざん防止・真実性を担保する

税務調査では、保存された電子データが改ざんや削除されていないかも確認されます。そのため、タイムスタンプの付与や修正履歴の自動記録、アクセス権限管理による操作制限、定期的なバックアップ保存などの対策が必要です。

これらは電子帳簿保存法の要件にも含まれており、クラウド会計ソフトや電子取引システムを活用すると効率的に対応できます。適切な管理体制を整えることで、税務調査でもデータの信頼性をスムーズに証明できます。

3.スキャナ保存を行う場合は紙の原本の扱いに注意する

紙で受領した請求書や領収書を電子化して保存するスキャナ保存制度では、要件を満たしていれば紙原本を廃棄できます。

ただし、電子データに不備があると紙の提出を求められる可能性があります。そのため、運用が安定するまでは紙原本を一定期間保管し、電子化されたデータとの整合性を確認できる状態にしておくと安心です。

まとめ

この記事では、電子帳簿保存法の概要や改正内容、税務調査での対応ポイントについて以下の内容を解説しました。

• 電子帳簿保存法は、国税関係帳簿や書類を電子データで保存することを認める法律で、2024年1月からは電子取引データの電子保存が完全義務化

• 電子帳簿等保存・スキャナ保存については任意のため、紙原本での保存も可能

• 電子帳簿等保存・スキャナ保存に対応する場合の税務署長への事前承認は不要（令和4年1月1日以後分に適用）

• 税務調査の基本的な目的や流れは変わらないものの、確認資料が電子データ化されることで、提示方法や管理体制の適正性がより重要になっている

• 税務調査で押さえるべき3つのポイントとして、「必要な帳簿・証憑をすぐに見せられるようにする」「電子データの改ざん防止・真実性を担保する」「スキャナ保存を行う場合は紙の原本の扱いに注意する」がある

電子帳簿保存法に対応することで、帳簿・証憑管理の効率化や税務調査対応のスムーズ化が期待できます。特に検索性やデータの真実性、原本との整合性を意識した管理体制を整えておくことが重要です。今回ご紹介したポイントを参考に、自社の電子帳簿管理体制の見直しを進めてみてください。

『株式会社JTBビジネストラベルソリューションズ』では、経費精算業務の効率化と電子帳簿保存法対応を支援する「ビズバンスJTB経費精算」を提供しています。領収書や請求書の電子化により、紙書類の保管コストや検索の手間を削減できるほか、タイムスタンプ付与や証憑データの紐づけにより、法令に沿った適正な管理を実現します。

さらに、スマホアプリやリモートでの経費精算機能により、出社不要で経費処理が完結するため、業務の効率化とペーパーレス化に貢献します。経費精算の運用改善を検討されている企業さまは、ぜひ一度ご相談ください。